وكان بونيرا قد إنتقل من نادي بارما إلى صفوف نادي ميلان في الميركاتو الصيفي لسنة 2006 وتمكن من تحقيق لقب دوري أبطال أوروبا بعدها بسنة واحدة أمام نادي ليفربول الإنجليزي.